在建设工程合同中，仲裁条款被广泛采用作为解决纠纷的方式。然而，当出现施工合同约定的仲裁条款与因偿付工程欠款签订的《还款协议书》发生冲突时，需要探讨仲裁条款是否适用于相关纠纷的解决。本文深圳律师咨询网将结合深圳的法律案例和相关法律法规，就此问题进行分析和讨论。
一、施工合同约定的仲裁条款的适用范围
施工合同约定的仲裁条款是一种当事人自主选择的纠纷解决方式。根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条的规定，当事人可以在合同中约定将争议提交仲裁解决。仲裁作为一种有效的纠纷解决方式，具有迅速、经济、专业等优势，因此被广泛应用于建设工程合同。
二、还款协议书的性质及其对仲裁条款的影响
《还款协议书》是当事人就偿付工程欠款事宜签订的协议，具有特定的约束力和效力。根据《中华人民共和国合同法》第十二条的规定，当事人在合同中约定的权利和义务，应当按照约定履行。因此，《还款协议书》对当事人之间的权利和义务具有法律效力。
在仲裁条款与《还款协议书》发生冲突时，需要考虑以下几个问题：
仲裁条款的明示意愿：当事人在施工合同中明确约定了仲裁条款，表示双方对于争议解决方式的一致意愿。这一明示意愿应被视为当事人选择仲裁作为解决争议的方式。
纠纷的性质及涉及的权益：如果涉及的纠纷与工程合同的履行和工程建设有关，仲裁条款应适用。然而，如果纠纷的实质是偿付工程欠款的问题，涉及的权益主要是债权人与债务人之间的关系，此时仲裁条款是否适用则需进一步讨论。
三、深圳相关法律案例及法条的分析
深圳某建筑公司与一家工程材料供应商签订了一份施工合同，并在合同中明确约定了仲裁条款。根据合同约定，双方同意将任何发生的争议提交深圳仲裁委员会仲裁解决。然而，在工程进行过程中，由于付款问题引发了纠纷。双方经协商后，签订了一份《还款协议书》，约定了偿付工程欠款的方式和期限。
后来，工程材料供应商认为建筑公司未按照《还款协议书》约定的方式和期限偿还欠款，并向深圳仲裁委员会提起仲裁申请，要求解决欠款纠纷。建筑公司则主张，《还款协议书》是针对偿付欠款事项签订的独立协议，仲裁条款不适用于该纠纷。
在这个案例中，需要综合考虑以下因素：
仲裁条款的明示意愿：施工合同中明确约定了仲裁条款，表明双方自愿选择仲裁作为解决争议的方式。这一明示意愿反映了双方对仲裁的共识，应予以尊重。
纠纷的性质及权益的涉及：虽然纠纷的起因是偿付工程欠款，涉及的权益主要是债权人与债务人之间的关系，但是该纠纷是基于施工合同的履行而产生的。因此，仲裁条款应适用于解决该纠纷，以确保一贯性和统一性。根据深圳的相关法律法规，深圳市仲裁委员会发布的《关于仲裁适用问题的解释》第9条规定：“当事人在签订借款、贷款、租赁、合作、承揽等经济合同时，仅仅就合同履行可能产生的财产权益纠纷约定仲裁的，该仲裁条款无效。”根据这一规定，如果纠纷仅仅涉及财产权益纠纷，并且没有特殊情况，仲裁条款可能被视为无效。
然而，在本案中，由于纠纷的起因是基于施工合同的履行和工程建设，且双方明确约定了仲裁条款，仲裁条款应被认定为有效。此外，根据《中华人民共和国合同法》第十四条的规定，合同的修改、解除应当符合法律的规定或者当事人的约定。在本案中，《还款协议书》作为合同的补充协议，未明确排除或修改施工合同中的仲裁条款，因此，仲裁条款仍然具有适用性。
四、结论
根据深圳的相关法律法规和案例分析，施工合同约定的仲裁条款在因偿付工程欠款签订的《还款协议书》后发生的纠纷中仍然适用。虽然纠纷的起因是偿付欠款问题，但如果纠纷涉及到施工合同的履行和工程建设，且双方明确约定了仲裁条款，仲裁条款应被视为有效。《还款协议书》作为合同的补充协议，并未排除或修改施工合同中的仲裁条款，因此，仲裁条款的适用性不受影响。
综上所述，当涉及因偿付工程欠款签订的《还款协议书》后发生的纠纷时，施工合同约定的仲裁条款的适用性是一个需要仔细考虑的问题。虽然《还款协议书》作为一份独立的协议具有约束力，但在确定仲裁条款的适用性时，应综合考虑施工合同中明确约定的仲裁条款、纠纷的性质及涉及的权益。在深圳这样一个法律环境不断发展的城市，法律专业人士应当紧跟相关法律法规的变化，深入研究和解读相关判例和规定，为当事人提供准确的法律意见和建议。
在实践中，当事人应充分了解合同的内容和约定，尤其是仲裁条款和还款协议书之间的关系。在签订合同之前，应明确双方对于纠纷解决方式的意愿，并根据实际情况作出明智的选择。当纠纷发生时，及时寻求法律专业人士的帮助和咨询，依法维护自身合法权益。
深圳律师咨询网提醒大家，深圳作为一座充满活力的城市，在建设工程领域经常涉及大量的合同和纠纷。了解和适用相关法律法规，正确解读仲裁条款的适用性，有助于维护建设工程领域的合法权益，促进社会稳定和经济发展。法律专业人士应在日常工作中不断提升自身的专业能力，为建设工程纠纷的解决提供更加全面和精准的法律服务。
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